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小笠原辉长没有急着进攻山**和山阳道，辉长进驻京都，他决定重新修缮平安京。
平安京寓意“和平与安定之都”，由桓武天皇效仿隋唐长安和洛阳建设。
建筑群呈长方形排列，朱雀路为轴，贯通南北，分为东西二京，中间为皇宫，正面是罗生门，宫城之外为皇城，皇城之外为都城。
城内街道呈棋盘形，东西、南北纵横，布局整齐划一，明确划分皇宫、官府、居民区和商业区，神宫坐落于北方，街道都以直角交会。
京都位于日本本州岛中西部，坐落在京都盆地北部，东距日本第一大湖琵琶湖仅5公里，东、西、北三面有丹波山地、比良山地和贵船山地环绕，市区随京都盆地向南面大阪湾敞开为巨型口袋形状。
平安京南北长约5.2公里，东西长约4.5公里，面积相当于中国唐代京师唐长安城的五分之一。面积23.4平方公里，人口160多万。
现在的平安京因为多次的战火已经衰败，但辉长要把平安京修起来。
在平安京内，朱雀大路连接大内里朱雀门和罗城门，东筑大宫、西洞院、东洞院和东京极等大路，西修四大宫、道祖、木辻和西京极等大路东西走向的一条、土御门、中御门和二条至九条等各条大路，与朱雀大路垂直相交。
平安京四周为当地人所信仰的贺茂、松尾、稻荷等神社，后又变成皇室和贵族的信仰对象。
不过，因桓武朝的建都和征夷两大事业半途而废，京内有的地方只修整了区划而来完成罗城等处的建设。
右京（长安）又是池沼星罗棋布的低洼地带，呈现一片“人家渐稀，几近幽墟，人去无回，屋坏不修”的景象。
因此，人家大都集中在左京（洛阳）四条以北的高岗干燥地带。
院政时期，又以流经左京极大路东面的鸭川以东白河为中心，建造了很多寺院和离宫，使得东京更加繁荣，因而日本人总喜爱称京都为“洛阳”、“洛城”、“洛都”。
因此大名们带兵入京都也叫作“上洛”。
京城形制南北长，东西窄，这一点是异于隋唐长安城的，尤其是平安京，其长宽比例与隋唐洛阳城十分接近;其次，里坊均呈方形，同于隋唐洛阳城的里坊形制。
再次，朱雀大街南端两侧各置宗教建筑一所，也是模仿洛阳城而建，这一点主要体现在平安京。
最后，在里坊名称方面，平安京的“铜驼”、“教业”、“宣风”、“淳风”、“安众”、“陶化”、“丰财”、“毓财”等8个坊名均采自隋唐洛阳城，平安京朝堂院南门的名称也采自洛阳城，称为应天门。
这就是平安京大致的模样了，修复平安京是要显示自己的实力，家臣们并没有反对此事，并且踊跃的捐了钱粮作为献礼。
辉长当即招募了大量工匠前来京都，同时他也以幕府和朝廷的旨意下发了修复平安京的法令。
此时已经行将就木的尼子晴久得知了小笠原辉长要修复平安京的时候也是大为惊讶。
尼子晴久为尼子经久的嫡孙，1537年尼子经久将家督之位让予尼子晴久。
之后尼子晴久便进攻播磨国来扩大版图，但是由于敌对的大内义隆对尼子家进行牵制，而且有力的国人毛利元就的离反，致使尼子家大败。
1541年祖父过世之后，尼子晴久致力于将叛离的国人找回，并且击退了大内义隆的进攻。
尼子晴久致力于恢复旧有版图，以出云、伯耆、美作、隐岐四国为基础，对周边地区展开进攻。
1551年大内义隆因为陶晴贤的谋反而自杀后，1552年幕府封尼子晴久为山阴山阳等八国守护。
1554年尼子晴久以新宫党谋反为由，杀害叔父尼子国久等人。一般都以为这是毛利元就的反间计，但是近来研究也指出这是尼子晴久用肃清自家的作法来强化内部统治。不过尼子家也因此而衰退。
1555年陶晴贤于严岛败死后，尼子晴久趁机进攻石见，夺取大森银山城，但是与毛利元就陷入拉锯战；1561年尼子晴久死于月山富田城。
尼子晴久找来尼子义久道：“我死之后，你肯定不是毛利元就的对手，尼子家灭亡的时机就快到了。
但是现在我们尼子家又有了一个选择，你立刻去京都向新的幕府将军请降，不管公方殿下是什么条件你都要答应。
殿下一定不会彻底剥夺我尼子家所有的领地，只要他给你留一块领地，这对于你，对于尼子家来说都是好事。”
尼子义久听从了尼子晴久的话，随即带着礼品，以及自己的女儿前往京都。
尼子义久见到小笠原辉长，当即伏身道：“臣下拜见公方殿下！”
小笠原辉长微微点头道：“起来吧，你父亲让你来做什么？”
尼子义久低头道：“殿下，我们尼子家愿意降服，成为殿下的家臣，手中所有的领国愿意全部奉上！
本家领地内有一座银山，名叫石见银山，这是一座大银矿，殿下正好在修复平安京，我们尼子家愿意献上石见银山！”
对于辉长来说，他根本不缺钱，因为本间家的佐渡岛上有着最大的金山，同时还有甲斐的金山，伊豆的银山。
对于辉长来说，现在他的实力十分的雄厚。再加上有堺港的存在，对于辉长来说，时间过得越长，他的实力便是成倍的增长。
辉长笑道：“你们的诚意我已经看见了，这样吧，我把出云伯耆两国留给你，你家其余领地归于幕府处置。”
尼子义久没有反驳，当即就同意了，同时说道：“小女千雪，愿意留在殿下身边服侍。”
辉长笑眯眯道：“好，你很懂事，放心吧，你们尼子家做了吾的家臣，若是毛利家敢动手，吾必定出兵灭了他。”
尼子义久连忙拜谢，回了出云。他把幕府的条件和尼子晴久说了一遍。
尼子晴久拖着病体，笑道：“如此，尼子家保全了！我便是死了，也可以瞑目了。”
……
小笠原辉长收服了尼子家，这让毛利家很是紧张。
不过小笠原家现在要对一向宗的势力出手，如今京都附近的一向宗势力已经被肃清。
现在他需要攻打加贺的一向宗佛国，伊势的长岛一向一揆，还有石山本愿寺。
不过辉长还没有打算动手，他决定先把平安京修好，同时在平安京外修建一座御所。
御所的位置在大阪，依旧是按照平安京的规模修建。
整个京都附近成了大工地，大量的工匠与平民都在参与两座大城的建设。