随着黄县叛军的彻底覆灭，让大明朝廷为之头痛了一年多的登州叛乱终于平息，但当地的麻烦还远未结束。执掌帅印的朱大典为此忙得焦头烂额，战俘问题只是其中之一，需要他要操心的地方实在太多。
——仗打完了，几万大军却依旧驻扎在登州附近，每天光人吃马嚼就是一个大数目，负责后勤的巡按谢三宝为此叫苦不迭。他几次三番提出行营应该尽快把各路军队遣返回去，可说易行难。当初辛辛苦苦把那些丘八大爷召集过来，如今取得胜利了，还没论功行赏就想把人打发走？哪儿这么容易
一场大战结束之后，对伤亡者予以抚恤，对军功者给予奖赏，该升官的升官，该发财的发财……这本是题中应有之意。大明朝立国多年，这一套程序倒也颇为完善。何况这次还是打了胜仗，本应该正是大家兴高采烈排队分果子的时候，可朱大典以及整个行营系统的文官们现在却丝毫高兴不起来，因为他们不知道这功劳应该怎么计算。
——还是由于那支琼海军
如果根据“正常”的记功模式：无论按杀贼，夺城，斩首，缴获……任何一种方式来计算功勋，琼海军都在这一次的平叛战争中都独占了鳌头——他们几乎是凭着一己之力把山东叛军给灭了个干净。如果不是亲身经历了平叛的最后一战，亲眼到那支短毛军是如何不出一兵一卒，仅用远程火器就将大明军强攻数次都未能取下的县城笼罩在一片火焰与烟雾之中，朱大典或者其他明王朝的文臣武将，是无论如何也不敢相信对方仅用两千余人就创造出如此战绩的。
当然现在他们是确信无疑了，就是各路军头对此也不好再有什么异议——叛军的战力他们已经亲身领略过，不是什么软柿子。如果没有短毛的火器，光凭朝廷自己的力量，就算能在野战中将叛军击败，甚至收复黄县，但这登州府是万万拿不下来的，到时候战祸延绵，没个一两年怕是完不了事——这一点就是最为狂傲的辽东军也不得不承认。
所以对琼海军理应占据此次平叛战役的头功，各家军头其实并无异议。但荣誉可以给他们，利益却不能。各家各路的数万军队到这边来可不是为了做一回旁观者就走的。何况军队从来不是能讲道理的团体，若是朝廷把封赏都给了只有区区两千人的琼州军，而不能给剩余几万兵丁一个过得去的交代，那这登州府怕是马上要引发第二次兵变。
好在琼州军在这方面很识相，他们主动表示对朝廷的官职不感兴趣，所以功劳什么你们自己着办罢。甚至于连金钱方面，他们得也不是很重，有当然好，若一时拿不出来，也可以先欠着——只要当官儿的打个欠条就行。反正按照协议海南岛每年都要上缴给大明若干财赋，到时候直接从上缴里面扣除就行了。
琼海军所要求的只有人力资源一项：他们把大批叛军俘虏及其家属，还有那些自愿跟随的流民用船只运到南方海岛上去开荒。从理智上说朱大典知道朝廷不该答应这要求——国以民立，老百姓都跑光了还成个什么国家呢。可当前的形势却又令他不得不对此予以默认——这些人如果还留在登州府，行营还得四处筹措粮草供给他们，可眼下行营的存粮连养兵都快不够了，哪儿还养得起那么多俘虏和老百姓？到时候又将全是自己的麻烦。
当然如果没办法也就只好硬撑，可现在既然有个冤大头自愿出钱出粮，那当然是把这包袱扔给对方解决了。所以行营上下对此都是非常欢迎的。
不过朱大典和他手下的整个文官团队却无论如何也不敢把与琼州军达成的这项协议正大光明写到朝廷奏报上，因为这不符合规矩——作为一群富有经验的老官僚，他们深知“规矩”二字在官场中的重要性：一切按以往规矩办，即使错了，那也是规矩有问题，与本人无关。而如果擅自打破了某些规则……哪怕办成了，也免不了口水一大堆。若是其中稍稍出了一点差错，那更是会变成了不得的大罪。
他们完全可以想象，如果当真傻乎乎把这事情写上去了，将会在朝廷中遭遇到什么样的待遇——那帮儒生酸丁肯定会把各种各样大帽子扣到这边头上，什么身为父母官却抛弃子民啊；买卖人口去海外丧尽天良啊……反正怎么难听怎么说。至于这些人留在登州府会不会被饿死，会不会惹出其他麻烦来……那些评论者是不关心的，他们只是要找个理由喷人而已。
——于是朱大典等人就不知道该怎么分配军功了，按真实情况上报？挨骂。搞一份虚假奏报上去……当大明朝的厂卫机构是假的？更何况还有监军太监在这里着。