而在解谜关卡方面，如果说《黑暗之魂》告诉了全世界什么是rpg该有的关卡设计，那么《塞尔达传说》则是重新定义了“关卡设计”的含义。
当然，《黑暗之魂》是以一种玩家被虐的方式体现的，到处都充满着令人绝望的阴谋，逼迫着玩家不断受苦、找寻最优解，偶尔看见个篝火和捷径简直是要感动到哭；但《塞尔达传说》则是恰恰相反，一个小小的神祠里面蕴含着很多的机关和种种不同的元素，唯一的挫败感就是尝试了很多方法之后还没有解开的烦躁，可一旦解开了，玩家们就会为自己的机智疯狂点赞。
整个解谜要素分为三个层级：呀哈哈-神祠-神兽。
呀哈哈的谜题都是相对简单的，比如看到水里有一圈浮萍，只要从山崖上跳下去落到浮萍中心，就可以找到一个；山上有一圈小石头，把旁边的石头搬过来放到缺口处，又可以找到一个；更复杂一些的，需要从水里捞出来铁块摆在一堆铁块上摆成特定的形状，又可以找到一个。
而神祠的谜题难度则上升了一个档次。
神祠有不同的类型，有些是直接显露在地面上的，进去就可以直接挑战；有些是周围布满了荆棘，必须采用特殊手段才能进去；有些干脆就是埋藏在地下，必须完成支线任务才能开启。
比如在某个高塔上，玩家会遇到拉手风琴的鸟人，和他对话之后会得到一首诗的信息。根据这首诗的信息，玩家要降落到埋在土里的神祠上，随着时间的推移，等高塔的影子和神祠的位置重叠的时候向着高塔射出一发火箭，神祠才会激活。
还有一些神祠隐藏在迷宫中，这些迷宫的墙壁全都是比山还要高，在林克体力不足的时候根本爬不上去，这时候玩家就真的体会到走迷宫的痛苦了。但是等玩家体力全满之后又可以稍微逃逃课，直接爬到迷宫顶上找一条捷径。
进入神祠之后，玩家必须综合利用自己的各种能力来触发神祠中的种种机关，有时候不仅需要一些智慧，还需要一定的手速。比如有些机关要求玩家必须在某个瞬间跳起用林克时间射中远处的机关，手残玩家必须得尝试很多次才能最终完成。
而四神兽和最终boss战的解谜元素，则是达到了最顶级的难度，玩家必须通过自己在神祠试炼中得来的种种经验和知识才能过关。
在神兽战之前，林克要进入神兽英杰所在的村落，完成主线任务，获得npc的帮助。
在神兽战的第一阶段，林克需要和npc相互配合，靠近神兽之后，一边抵挡神兽的远程攻击，一边是用弓箭射击神兽的红色关键部位，让神兽停下。
第二阶段，林克会进入神兽内部，完成一个复杂的解谜关卡。神兽的关卡从规模上来说远超神祠，难度也直线上升。每个神兽的关卡都是精心设计的，而且非常符合神兽本身的特色。比如水之神兽就是一只大象，在获得神兽的部分控制权以后，林克可以操纵大象的鼻子由低到高地变化，从而爬上大象头顶，或者是用鼻子里喷出来的水冲开机关，打开一些之前去不到的区域。