后来也不知道是谁拉起了旗帜，打着要消灭改造者，还我一个蔚蓝清净的人类社会的口号，开始对他们进行了肃清，本来只是小规模械斗，渐渐的变成了枪战，之后军队也加入其中。
整个人类社会就像疯了一样，普通人和改造者之间只能有一个存活，当然改造者也不是吃素的，不可能眼睁睁的看着自己被捕杀，于是他们激烈的抵抗起来，因为强大的身体素质和超强的生命力，这些人战斗起来可谓是与怪物一样，流血与冲突不断爆发，最后已经无人可以阻止了。
刚开始的时候，其实改造者的数量并不是很多，可是随着战斗的升级，他们开始觉得有必要增加自己的数量了，于是这些家伙偷袭了人类联盟的驻地，将所有余下的神性物质碎片都给抢夺走了，随后使用那些东西将海底的头足类生物全部转变成了自己的同伴，以此和人类开战。
后面随着战火的燃起，三座海底城市之一的日光城因为战争被摧毁，剩下的两座城市一座由人类掌管，另一座则是被改造者们收入囊中，开始了漫长岁月的对峙。
比起人类，改造者在海底作战的时候简直是如鱼得水，身负厚重潜水装备的人类士兵根本就不可能是他们的对手，所以只能闭门不出，以城市为堡垒进行防守作战。
这时候z博士接任了人类联盟领袖的位置，开始与这些改造者正面作战，既然人类无法在海底自由移动，那就做出能够在海底猎杀他们的战士，尽管神性物质已经被夺走，但是作为研究它们最长时间的科学家，z博士还是有些压箱底的绝招的，只是没到万不得已他不想使用这样的手段。
z博士将目光放在了海洋中顶级的猎食者身上，提取了虎鲸和鲨鱼等等凶猛动物的基因与人类基因进行融合培养，最终造出了一批外表和人类相同，却没有任何动物特征的亚人。
为了和其他动物区分开来，z博士给那些海生亚人命名为‘阿戈尔人’大意就是为了守护而存在的人。
有了阿戈尔人投入战场，人类劣势的局面才算是好转了许多，但战争却没有停下的意思，这一打就是上百年的时间。
期间也发生了一些意想不到的事情，随着阿戈尔战士越来越多，人类与这些外表和自己完全相似的种族也开始了通婚，毕竟他们也是有感情的，尽管被作为工具制造出来，可z博士并没有亏待他们，而是给予了和人类一样的权利。
与阿戈尔人通婚之后，出生率一直低下的情况竟然得到了改善，人类与阿戈尔人之间可以很容易的诞生自己的孩子，这是一件很让人欣慰的事情，虽然不是纯种人类，但至少人类的血脉可以一直延续下去了。
“战争持续了漫长的岁月，一直到我老了，已经摇摇欲坠的时候，我才惊觉一件事情，现在我们人类所做的事情，和当年神明做的事情似乎完全一样。”
z博士看着刀客塔的目光一下子锐利了许多，而他说的话也是引出了一个惊人的可能性，这让刀客塔下意识的身体颤抖了起来，听故事的时候没感觉，但是父亲提出这个问题之后，刀某人才觉得背后发凉。