就在张献忠攻克成都的时候，南京的弘光朝廷诏令原川陕总督樊一蘅仍任原职，又授原大学士王应熊为兵部尚书，总督川湖云贵四省军务，楚、郧、贵、广悉听其节制，并拨给饷银三万两，赐尚方宝剑便宜行事。
然而王应熊名为督师，却无师可督，只能散尽家财，招兵数千人，与樊一蘅避居遵义，开府理事，檄传各州县旧将会师共举。
很快，曾英、刘鳞长，以及余大海、李占春、张天相等诸部皆表示愿受其节制，官军声势得以复振，重新拥兵十余万，并不断向蜀中反扑，试图收复失地。
与此同时，坐镇川北的大顺四川节度使，怀仁伯马科亦率部夺回了顺庆，马科正打算从顺庆水陆并进，袭取重庆，阻断张献忠与湖广左良玉的联系，避免两军联合，然后召集摇黄十三家，走内水向西，逼大西军退往云贵山区，从而达到全据川中的目的。
没想到顺庆这边船只尚未打造完毕，张献忠已命张能奇率军三万前来攻打绵州，意图攻略汉中，直捣西安。
马科唯恐绵州有失，遂召集诸将言道：“川北之地幅员辽阔，我军兵少，难以守御，然所占之地不可轻易放弃，本镇业已驰报陛下，请增援军！今顺庆城防坚固，敌军不易攻取，故本镇决定亲率三千精锐潜往绵州，救援马爌！尔等且继续留守城中，切记若敌军来攻，只可坚守，不可轻举妄动！”
诸将齐声答应，马科于是带着三千精骑趁夜悄悄打开城门，往绵州而去。
再说张能奇将三万精兵分作三路，其中振武将军洪正隆领兵五千为右翼，走金堂、中江一路向三台；英勇将军张其在领兵五千为左翼，走什邡、绵竹、安县一路向江油；他自己则亲率两万步骑经新都、汉州、德阳、罗江，一路杀向绵州。
马科的援军前脚刚入绵州，张能奇的兵马也紧随而至。双方在城下展开激战，然而一连数日，大西军却始终无法攻下城池。
八月二十一日，洪正隆的右翼兵马由潼川赶至绵州，与张能奇汇合，此时正逢张能奇爱妾生日，张能奇见大军皆已疲惫不堪，于是下令全军暂停攻城，就地休整两日，顺便在营中为爱妾庆贺祝寿。
消息很快就由细作传至城内，马科得报大喜，却故意示弱，不开城门，只派少数老弱之兵悄悄缒城而出，掠取粮草物资。
张能奇见马科连城门也不敢开，以为城中兵少，无力出击，顿时放心不少，但为了防备大顺军夜里袭营，还是命令洪正隆派两千人马埋伏于营寨之外，以防不测。
不想一夜过去相安无事，城中竟是毫无动静，这下张能奇终于完全放下心来，让洪正隆将伏兵召回，全军一齐开怀畅饮，只待次日一鼓作气，攻克绵州。
哪知到了中午，正当大西军将士酒足饭饱，昏昏欲睡之际，营寨外忽然杀声四起，大顺军骑兵在马科的带领下，犹如猛虎下山般破寨而入，在慌乱奔逃的人群中乱杀乱砍起来。
大西军仓促应战，被打了个措手不及，兵马死伤不计其数。张能奇一身酒气，来不及披甲便在亲兵的搀扶下提刀上马，只见四面八方到处都是大顺军，虽张能奇勇猛无敌，可是连杀了许久，却始终无法击退敌军。
就在此危急时刻，忽见寨外烟尘四起，原来是张其在率领的左翼兵马赶到了。
绵州守将马爌站在城楼之上，望见大西军援军将至，立刻带着三千兵马出城拦截。
见马爌挡住了张其在的援军，马科当即举刀高喊道：“弟兄们！随我杀敌！斩首一级者赏银十两，生擒张能奇者赏银五千！”
正所谓重赏之下必有勇夫，大顺军将士顿时勇气百倍，人人奋勇，个个争先。尽管张能奇死战不退，然而战至日暮时分，在他身旁已然没剩下多少兵马了，而大顺军却是越战越勇。
洪正隆满身血污地冲到张能奇面前，向着他高声大吼道：“四将军，快撤吧！再不撤可就要全军覆没了！”
“不行！就这么回去，父王必然降罪于我！大家不许撤，随我继续杀敌！”张能奇虽身负多处刀伤，战马也已伤重而死，可他却仍如同疯子一般，没有丝毫想退的意思，高举钢刀，不管不顾地向前冲去。
情势万分危急，洪正隆当机立断，吩咐众亲兵架起张能奇，强行将他推上马背，然后护住左右，拼死冲出了重围。
马科见张能奇逃远，并没有追杀，径直收兵回城去了。
张能奇身负重伤，在洪正隆和张其在的保护下，一路退至罗江，收拢沿途溃散兵士，只剩八千余人，且多数有伤在身。张能奇见罗江无险可守，乃退往鹿头关，然后将兵马交付给张其在和洪正隆，自己单骑赶回成都，向张献忠禀报。
张献忠见张能奇重伤在身，并没有过多苛责，只是嘱咐他回去好生休养，并让医官前往张能奇府中，以上好的金创药医治，然后下令召集众文武上殿议事。
待文武聚齐殿中，张献忠扫视一眼众人，发现所有人皆是面色凝重，一言不发，当即笑着说道：“你们紧张个屁！虎臣此败尽在老子预料之中，这小子平日里自以为天下无敌，老子早知他不是马科的对手，就是想让这小子受点挫折，以为磨砺！”
张献忠话音刚落，定国立刻抱拳请命道：“父王，四弟鲁莽，故有此败！现如今全川皆已归附，自然不能再让顺军盘踞于川北！儿臣愿领一军北上，驱逐马科，一举拿下汉中！”