倭国的情况，比之大明，尤其在阶级层面上，更加的复杂。
在如今对抗大明之下，看似团结，实则都是心怀鬼胎。
尤其是如今天皇的地位，正处于一个下跌的状态，在经历南北朝的战争之后，天皇的地位了，可谓是倭国有史以来，最为底下的时候。
这种情况，不仅仅是反应在天皇这边，便是连幕府将军也不能无视。
正如幕府将军无视天皇的权威一样，这时倭国社会也经常出现守护大名藐视将军，地方下层领主和武士挑战守护大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的现象--人们称这种现象为“下克上“。
例如北朝的光严上皇出巡时碰到一个美浓的守护土歧赖远。
上皇的近臣喝道:“上皇圣驾到此，快快下马!”
土歧赖远闻听非但没有下马，反而大怒道:“你说清楚是院驾还是犬驾，若是犬驾，就射他一箭。“
说着，真的拔箭而射。
他的随从们一哄而上，把上皇车上的帘子扯掉，把车子掀翻，并把上皇身边的公卿打了一顿。
事后，土歧赖远被幕府处死，但引起下层武士更大的不满。
有人说:“如果没有天皇不行的话，就用木凋一个，或以金铸一个，把活的天皇流放到别的地方去，省得惹麻烦。“
有人哀叹道:“凤凰生末世，落魄亦堪悲;雉鸡遭野火，被逐无巢归。
这时，天皇朝廷势力式微，形同小诸侯一般。
历史上，明朝建文帝在给倭国的圣旨中，称足利义满为“倭国国王源道义“。
足利义满在致明朝皇帝的国书中也自称“倭国国王臣源“，幕府将军已成为国家最高权力的代表，足利义满自称“源道义“是因为足利氏是清河源氏的后裔，即清和天皇的嫡派子孙。
就是后来的德川幕府家也是来自清河源氏，所以幕府将军的掌权不过是天皇的彼一支代替此一支而已。
南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己当初的诺言，即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。
南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。
原历史中，后龟山逃出京都，再次在吉野山区建立南朝，史称后南朝。
南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，又不断地进行了将近半个世纪的斗争。
后来曾有一伙强徒潜入皇宫，将神剑、神玺抢走，并以此拥戴南朝的皇胤反对幕府，事败后南朝皇族后代多人被杀。
后面又是一起类似事件，牵连得南朝皇族几乎灭绝。
而南朝所代表的势力，就是对大明主要侵犯的倭寇。
像是朱棣抓捕倭国细作，就是归属于南朝这边。
南北朝割据的分裂时期，就在这一时期，倭国的各诸侯之间斗争达到了白热化的阶段，相互攻伐，在这场南北斗争的过程中，南朝的封建势力开始节节战败，不得不撤离倭国本土。
其中有一部分南朝的封建主，当然还有封建主统治下的武士和浪人等也会选择离开，以此来躲避倭国本土对他们的追杀，他们就乘船来到了大明的沿海地区，他们在沿海进行走私，更有甚者烧杀抢掠。
伴随着南朝在倭国的延续，大明沿海的倭寇，不断的为南朝势力输入财富，以此作为对北朝的抵抗。
倭国的南北朝之争，并没有随着南北朝一统而结束。
而是在历史上，缠绕了几百年。
南朝的势力，从来就没有被彻底的消灭过。
有人说，北朝控制了全国大部分地方，所以是实际上的统治者，应该是正统。
但也有人说，后醍醐让渡的神器是假的，因此正统还是在南朝一边。
哪怕是后世几百年后，也有人振振有辞地说:“当今天皇难道不是从后南朝天皇后中抢夺了三件神器的篡夺者的子孙吗?“
一时，在倭国国内引起一场轩然大波。
最后，作为北朝天皇后代的明治天皇作出裁决，认定南朝为正统，北朝各天皇不列入天皇传承系列，但天皇地位及其待遇不变。
因此，足利尊氏被视为乱臣贼子，而楠木正成成为忠于天皇的典范。
而目前的倭国，看似一统，实则在分裂的边缘。
幕府无力镇压各地的大名。
在这个特殊的年代里，守护代、国人以及与之相关的人们皆以实力而成了大名，并且竞相把分国领地纷纷扩大，相继各霸一方，成了战国大名，
从而形成了群雄割据的分裂局面，此后的倭国更是战火不停。
在关东，镰仓公方足利成氏不满关东管领上杉宪忠，进而将其暗杀。
此举引发关东管领和公方的长期对抗，导致幕府派遣骏河守护今川氏前去讨伐而迫使足利成氏移往下总古河，成为初代古河公方。
战后关东出现得到关东管领上杉氏支持的堀越公方足利政知和，得到北关东豪族支持的古河公方。
山内上杉氏重臣长尾景春叛乱，使扇谷上杉氏趁机扩张自己的力量，促使山内上杉氏选择和古河公方和解来对抗扇谷上杉氏。
而扇谷上杉氏为了对抗山内上杉氏，和尹势长氏结盟。
因堀越公方发生内乱而被尹势长氏消灭，尹势长氏的后北条氏因而实力大增。
不久后上杉定正猝死导致扇谷上杉氏转衰，后北条氏转而攻击扇谷上杉氏，并消灭相模三浦氏且占领小田原城，促成两上杉联合对抗后北条氏的新局面。
后北条氏二代家督氏纲更入侵武藏国，取代旧有的足利、两上杉氏，成为关东地方最强的大名。
除了尹势长氏崛起于关东地代方，成为新时大名的代表外，倭国各地也开始出现以下克上，甚至成为一方之雄的新强权。
出云守护代尼子氏篡夺守护京极氏实权，日后其大名尼子经久更取代京极氏，成为出云守护。
在尼子经久生前，尼子氏扩张成与大内氏家督，因海外贸易而兴盛的大内义兴并驾齐驱。
在双雄争霸过程中，安艺国人毛利元就逐渐吸收尼子、大内的力量，日后乘大内氏内乱，在严岛会战中击倒大内氏权臣陶晴贤，成为新霸主。
此外，美浓守护土岐氏亦遭到重臣长井规秀的驱逐而衰败，长井规秀日后继承斋藤氏，改名为斋藤秀龙，法号“道三“。