大明自建国起，民户和军户就严格进行了区分。本来刚开国的时候，士兵有土地，赋税极少，所以这社会地位并不低。但是随着时代的发展，士兵手里的土地被兼并，自己成了近似农奴一般的存在不说，还得当兵打仗——这只有义务没有权利的工作，自然就没人乐意去做了。
而且从北宋开始，由于文人彻底压倒武人，以至于中华帝国有了一个很不好的刑罚：刺配充军。服兵役成了罪犯洗清自身罪孽的一种重要手段。如此一来，军人在经济、政治上的地位直线下降，这社会上自然就成了被歧视的存在。
作为穿越者，朱由栋当然要扭转这一局面：军改完成后，国家的正规部队里，军官将是职业军人，而士兵虽然有服役年限，但是在薪酬方面保证要给足了。同时实行军衔制，在作战服之外还给全体官兵提供礼服和常服，让官兵们平日里都能昂首挺胸的佩戴着自己的军衔，堂而皇之的出现在各个地方。然后再加上舆论上的大力宣传——从此之后，军人将逐渐的成为大明青少年仰慕和向往的职业。
当然，作为一个业余历史爱好者，朱由栋也深知，为什么汉唐时代军人地位高，到了北宋就急转直下：这实在是五代十国的时候，丘八们弄得太不像话，一不高兴就换皇帝，六十多年间换了十几个皇帝，这搁谁当了皇dìdū受不了。
所以，军人地位是要提高的，但控制也是一点都不能放松——在可以预见的几十年里，大明都是要打仗的。战争时期，武人权力的膨胀本身就不可避免，如果不事先给安上络头，那是要出大问题的。
要解决这个问题，单纯的某一种办法是不行的，还得多管齐下。
首先是加强教育。在朱由栋的计划里，本次军改将军户彻底裁撤分流，优中选优将其最精华的部分补充到新军里形成20个师后。接下来的第一步就是建立完整的军事教育体系：现在大明只有皇家军事学院和皇家海军学院两所军事学校，这是绝对不行的——长期这么搞下去，不是所有的军官都是同学嘛？
所以，在天启四年，将会有步兵、骑兵、炮兵、工程兵、军医、轮机、后勤保障等多个学院新建完成并开学招生。从那时起，现有的野战军、驻屯军军官可以去进修，社会上的有志青年也可以报名考试入学。而原有的两个军事学院，则将成为将领的高级研修班。
这些新建的学院，除了分散两个军事学院出产军官过于集中的问题外，当然还要加入忠君爱国的课程。而且朱由栋还准备让这些学校每年组织会操，以此形成恰当的竞争关系。
当然，因为知道历史本位面20世纪三、四十年代的昭和参谋都是一群什么玩意儿，所以朱由栋是不准备搞少年军校的：军人还是要了解社会的。如果从小就只是单纯的进行军事培训，那最终会培养出一群除了打仗，什么都不知道的蠢货——各个军校未来的学生，除了吸纳军队中的优秀官兵外，面对社会，只能招收年满十六岁并且有一点文化知识的优秀青少年。
至于说这十六岁以上的优秀青少年怎么培养出来？这个嘛，现在朝廷虽说还是无力全面铺开义务教育，但到底这手里还是宽裕了不少嘛。以朱由栋这种‘有钱不花不舒服斯基’的尿性，他可见不得数千万的银元躺在库房里睡大觉。因此，每个省，国家出资建个中学，建两到三所小学，这个还是可以的——方山发展了这么多年，早就储备了足够的师资。而且方山到了今日也是必须要拆分了，不然以后文臣都来自方山，也是皇帝不能容忍的。
在基础教育上加装保险外，在顶层的军事架构中，朱由栋也吸纳了后世不少的精华。
他计划在内阁六部之外，单设枢密院。这枢密院的职责，很大程度上与后世的总参接近：训练、战备、招兵募兵、军队编制、具体作战等具体作战的权利以及对外情报工作，全部交给枢密院——其实就是让军人在作战前后有独立的指挥权。从此之后，打仗的事情，文臣方面除了朱由栋特别指定，否则将不再对军人有指手画脚的可能。
而兵部以前武选司的职责，则由御马监接手：当然，将武将的人事权完全交给宦官是极不科学的。所以，这御马监随着权力的陡然增大，其内部的权力架构也进行了重组。新的御马监，掌印太监是刘时敏，但枢密院派出枢密副使，兵部派出侍郎长期在御马监坐堂，也是必然。与此同时，腾骧四卫以及京营全部裁撤，相关人员要么补充入新成立的野战军和驻屯军，要么进行分流。也能防止御马监的权力过渡膨胀。