在这个时代的大明，要想建立一支全新的军队，难度当然不是一般的大。只要谁敢直接向通政司开这个口，一定会被文臣们集体喷得体无完肤。
所以朱由栋一开始想的就是怎么利用现成的卫所兵。
他先下令给南京守备勋臣柳懋勋：听说南京城内以及应天周边的几个卫所，逃兵很多，以至于卫所兵有大量的缺额。而且南京周边的好几个卫所情况比较特殊，比如说专门给太祖皇帝守灵的孝陵卫啥的，那非但不给国家缴纳钱粮，每年还得国家拨款。所以，这里面吃空饷的也很多。孤认为，这个事情应该清理一下，看到底缺额多少。
这道命令文臣们完全挑不出毛病，非但如此，他们还很支持：早就看这群废物将领大肆吃空饷不爽了。贪污这种事情，只能我们文臣来嘛，什么时候你们这些也有资格了？最最关键的是，为什么你们这些废物将领不拉上我们一起贪？
所以，对太孙殿下的这道命令，南京的文臣们大多数都表示：殿下做得好！早就该这样了。
朱由栋在去年的旬会上声色俱厉的威胁柳懋勋，其实不是给他压力，而是给他解套，方便他对下面的将领进行解释：各位兄弟，没得办法，太孙殿下都说了，要是这个事情做不好，我家的爵位都要完蛋。所以，接下来做哥哥的也只有公事公办了。
而且大家也不要过分担心，殿下说了，既往不咎，以前的那些烂账统统一笔勾销。至于说以前靠着吃空饷养家，后来吃不了怎么办？这个，殿下的虎威做哥哥的是不想去领教了，要不你们再去试试？
当然，柳懋勋自己都是吃空饷的大头，做这清查的事情也是很有难度的。因此，在朱由栋北上之后，他把袁可立给留了下来：袁先生判案的故事在后世都被编成电影电视剧了，做这种清点人头的事情还不容易？
袁可立接到这个任务后，先是找曹三喜要了五万两银子，然后又把方山学校的学生抽调了一批。等朱由栋前脚离开，后脚他就压着柳懋勋，以‘过年慰问困难军户’的名义，挨家挨户的送东西。
春节诶，中国人最看重的节日，只要不是什么特别大的事情，一般都是要在这段时间回家的。安远侯亲自来家里慰问诶，虽说给的东西不算丰厚，但怎么也值几钱银子吧？所以，绝大多数军户在这个时间点都老老实实的待在家里，让袁可立轻而易举的拿到了最真实的数据。
大明在老朱建国，制定了卫所制度后，到洪武二十六年，一共有三百二十九卫。
这其中，上十二卫（羽林、金吾、虎贲、锦衣卫、掌旗卫等）负责守卫皇城，是皇室的亲军。
剩下的三百一十七卫中，有三十个卫驻扎在南京周边，拱卫大明首都。
建文元年，增设孝陵卫。所以建文年间，南京城内及其周边一共是四十三个卫。
永乐十八年，大明帝国正式迁都北京。上十二卫全部搬迁到北京（锦衣卫留了一部分人员）。除孝陵卫之外的其他三十个卫中，有十八个卫要么被调到北京，要么被裁撤。所以，南京这边就剩下了十二个卫（不算孝陵卫）。
按照朱元璋制定卫所制度时的规矩，一个卫，战时要能够提供战兵五千六百人。这么算下来，南京及其周边的十二卫就应该有六万七千两百名战兵。
“殿下，这是在下等花了三个多月的时间完成的南京周边十二卫实有军户的统计册。简言之，现在南京周边十二卫，一共实有军户七千三百二十八户，按我大明卫所制每户提供一名战兵的规定，南京周边十二卫，可以提供战兵七千三百二十八人。”
“确认无误？”
“些许误差难以避免，但最多走展不会超过两三户。”
虽说早就有了心理准备，但是实际数字只是理论数字的十分之一多一点，还是让朱由栋觉得很难受。
“孤记得，南京十二卫里，水军右卫、水军左卫、横海卫这三卫都是水军吧？”
“是的，殿下。水军左右卫的兵员现在大多在操江提督手里，因为靠着长江吃饭，所以满员率算是最高的。横海卫嘛，除了在靖江还有一点人以外，基本全部空了。”
“除掉水军三卫，剩下九卫有多少战兵？”